A história da Diocese de Votuporanga teve início em agosto de 2009, quando Dom Paulo Mendes Peixoto, então bispo de São José do Rio Preto, nomeou uma comissão para estudar a viabilidade da criação de uma nova diocese. Os Padres Edemur José Alves, Carlos Rodrigues dos Santos e Gilmar Antônio Fernandes Margotto realizaram um extenso levantamento com dados sociais, pastorais e econômicos da região, contando com o apoio técnico do Padre Synval Januário, da Diocese de Catanduva. O projeto recebeu apoio dos bispos da Província Eclesiástica de Ribeirão Preto, incluindo Dom Joviano de Lima Júnior e Dom Nelson Westrupp, bem como do bispo de Jales, Dom Luiz Demétrio Valentini.
Em 24 de agosto de 2010, Dom Paulo e a comissão entregaram pessoalmente ao Núncio Apostólico no Brasil, Dom Lorenzo Baldisseri, o relatório com o pedido oficial de criação da diocese. Após ajustes e novos contatos com a Nunciatura e com o Vaticano, especialmente nos anos seguintes com o envolvimento de Dom Tomé Ferreira da Silva, a proposta foi acolhida. No dia 20 de julho de 2016, o Papa Francisco criou oficialmente a Diocese de Votuporanga, desmembrando-a das Dioceses de São José do Rio Preto e Jales. A nova diocese passou a ser sufragânea da Arquidiocese de Ribeirão Preto.
A instalação solene aconteceu em 22 de outubro de 2016, em plena vivência do Jubileu Extraordinário da Misericórdia e do Ano Nacional Mariano, com uma missa na Catedral de Votuporanga. A celebração foi presidida por Dom Moacir Silva, Arcebispo Metropolitano de Ribeirão Preto, representando o Núncio Apostólico, e contou com a presença de diversos bispos, padres, diáconos, autoridades e grande participação do povo de Deus. Na ocasião, foi empossado o primeiro bispo da nova diocese.
Dom Moacir Aparecido de Freitas, natural de Ibirá e ordenado sacerdote em 1987, foi nomeado pelo Papa Francisco no mesmo dia da criação da Diocese, 20 de julho de 2016. Sua ordenação episcopal ocorreu em 11 de outubro daquele ano, e a posse canônica foi celebrada conforme os ritos da Igreja, com a leitura da bula apostólica e acolhida dos presbíteros e fiéis. Desde então, Dom Moacir tem conduzido com zelo pastoral a caminhada da Diocese de Votuporanga, fortalecendo a missão evangelizadora na região.